Ich will Nautilus für FTP Bookmarks verwenden, daher soll die gnome shell nicht immer meinen Browser öffnen sondern Nautilus!
So geht’s ganz einach:
In ~/.local/share/applications/mimeapps.list einfach unter Default Applications folgende Zeile ergänzen:
x-scheme-handler/ftp=nautilus.desktop
Natürlich geht das für beliebe mime-types und Programme auch.